Первые случаи вспышки энцефалита были зарегистрированы в Нью-Йорке 23 августа 1999 года. Семь человек умерли от того, что оказалось первыми случаями вируса Западного Нила в Соединенных Штатах.↵В августе 1999 года среди пациентов в районе Квинс в Нью-Йорке был диагностирован кластер из восьми случаев энцефалита Сент-Луиса. Внезапные случаи критического отека мозга были обнаружены исключительно среди пожилых людей. Примерно в то же время люди заметили необычно большое количество мертвых ворон по всему городу. Другие птицы, включая экзотические виды, размещенные в зоопарке Бронкса, также были найдены мертвыми.↵Центр по контролю и профилактике заболеваний (CDC) был вызван для расследования. Они обнаружили, что вирус Западного Нила, ранее обнаруженный только в Уганде и на Ближнем Востоке, был заражен птицами по всему региону, включая малиновок, уток и орлов. Помимо птиц и людей, известно, что к вирусу, который распространяется комарами, восприимчивы лошади. ↵ При дальнейшем расследовании выяснилось, что жертвы, предположительно заболевшие энцефалитом Сент-Луиса, на самом деле были инфицированы лихорадкой Западного Нила. Она вызывает симптомы, похожие на грипп, и может быть смертельной как для пожилых людей, так и для маленьких детей. К концу лета в Нью-Йорке было зарегистрировано 56 подтвержденных случаев лихорадки Западного Нила, хотя CDC подсчитал, что у 80 процентов людей, инфицированных лихорадкой Западного Нила, не проявляются симптомы, и поэтому они не обращаются за медицинской помощью. ↵ В последующие годы вирус лихорадки Западного Нила неуклонно распространялся на запад по Соединенным Штатам.